消毒機按消毒功能分類：

   通過高壓泵、高速旋轉的甩盤或高壓氣流把混有消毒劑的消毒液霧化噴出，覆蓋被消毒物質表面，通過消毒劑使細菌、病毒、芽孢、蟲卵或重金屬離子變性而達到消毒目的；主要用于地震、水災過后的疫情控制；養殖場、食品廠、農業種植過程中的致病微生物控制；醫院、學校、電影院等公共場所的傳染病控制等。

   氧氣在高壓電弧放電和強紫外線照射下會產生臭氧，臭氧可以使一些有害化學物體氧化、使微生物的蛋白質變性而失去活性、使部分重金屬氧化變性。因此可用于水源消毒；密閉空間消毒除異味；衣物、鞋帽、汽車、室內消毒除異味等

   紫外線紫外線照射可以使細菌蛋白質瞬間凝固，而起到殺菌作用，因此紫外線消毒機主要用于水源消毒和空氣消毒

   微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果，它能使微生物失去活性，因速度快、易操作而廣泛用于食品加工領域。

   利用活性炭、甲殼素、陰離子粉等有吸附作用的物質，通過機械裝置讓含有有重金屬或有害氣體污染的空氣或水反復通過吸附物質而達到減少或去除這些有害物質的作用，主要用于空氣凈化和水源污染。